海船船員適任證書編碼格式由英文大寫字母和阿拉伯數字共15位組成。
第一位
04規則適任證書編碼以一個大寫英文字母(證書類別甲、乙、丙、丁的漢語拼音的第一個聲母)表示適任證書的類別，J, Y, B, D分別表示甲、乙、丙、丁四類適任證書。
11規則適任證書編碼以一個英文大寫字母表示適任證書的類別，其中A表示無限航區適任證書，及無線電一、二級電子員和GMDSS通用操作員適任證書；B表示沿海航區適任證書，及GMDSS限用操作員適任證書。
第二、三位
由兩個大寫英文字母組成，表示發證機關的代碼。
第四位
以一位阿拉伯數字表示持證人在船的工作的部門，其中1表示甲板部；2表示輪機部；3表示無線電通訊部門。
第五位
以一位阿拉伯數字表示的等級，分別為:甲板部，1表示3000總噸及以上船舶；2表示500一3000總噸船舶；3表示未滿500總噸船舶；4表示500總噸及以上船舶。輪機部，1表示主推進動力裝置3000千瓦及以上船舶；2表示主推進動力裝置750—3000千瓦船舶；3表示主推進動力裝置未滿750千瓦的船舶；4表示主推進動力裝置750千瓦及以上船舶。
海上無線電通信部，1表示GMDSS無線電電子員；2表示GMDSS操作員。
第六位
以一位阿拉伯數字表示船上職務，分別為:甲板部，1表示船長；2表示大副；3表示二副；4表示三副；5表示組成航行值班的值班水手。輪機部，1表示輪機長；2表示大管輪；3表示二管輪；4表示三管輪；5表示組成航行值班的值班機工。
無線電通信部，1表示GMDSS一級電子員；2表示GMDSS二級電子員；3表示GMDSS通用操作員；4表示GMDSS限用操作員。
第七至第十位
以四位阿拉伯數字表示證書簽發的年份。
第十一至十五位
由五位阿拉伯數字組成，表示同一發證機關當年所簽發的適任證書的總序號(由計算機按簽發的先后順序自動生成)。
